{"status":"OK","data":{"advertisement":{"id":363404,"title":"Budowa zintegrowanego repozytorium farmakogenetycznych modeli predykcyjnych wraz z adnotacj\u0105, analiz\u0105 i dokumentacj\u0105 techniczn\u0105 w ramach realizacji Minigrantu pn. \u201ePlatforma PGx forge \u2013 Od algorytmu do stratyfikacji pacjent\u00f3w\u201d dla potrzeb Instytutu Farmakologii im. Jerzego Maja Polskiej Akademii Nauk w Krakowie.","partial_offer_allowed":false,"publication_date":"2026-04-29","submission_deadline":"2026-05-07 10:00:00","planned_sign_date":"2026-05-01","supplementary_orders":null,"terms_of_contract_change":"Wz\u00f3r umowy stanowi Za\u0142\u0105cznik 3 do Zaproszenia.","created_at":"2026-04-27 09:14:48","modified_at":"2026-05-07 10:00:19","contact_persons":[{"id":21541,"forename":"Artur","surname":"Rzepecki","phone_number":"12 662 32 97","email":"dzp@if-pan.krakow.pl","created_by":null,"created_at":"2022-10-27 09:57:47","modified_at":"2022-10-27 09:57:47","modified_by":null}],"orders":[{"id":587822,"estimated_value":null,"order_items":[{"id":661658,"description":"Przedmiotem zam\u00f3wienia jest us\u0142uga badawczo-rozwojowa polegaj\u0105ca docelowo na opracowaniu bazy danych, obejmuj\u0105cej budow\u0119 zintegrowanego repozytorium farmakogenetycznych modeli predykcyjnych w ramach projektu \u201ePlatforma PGx forge - Od algorytmu do stratyfikacji pacjent\u00f3w\u201d dla potrzeb Instytutu Farmakologii im. Jerzego Maja Polskiej Akademii Nauk w Krakowie. \nZakres us\u0142ugi obejmuje w szczeg\u00f3lno\u015bci:\n\u2022 strukturyzacj\u0119 du\u017cego zbioru wynik\u00f3w wielkoskalowych analiz asocjacyjnych (GWAS) fenotyp-genotyp w jednolit\u0105, standaryzowan\u0105 baz\u0119 danych;\n\u2022 dodanie adnotacji biologicznych, funkcjonalnych oraz farmakogenetycznych, tablic metadanych i metryk jako\u015bci wynik\u00f3w asocjacji;\n\u2022 szczeg\u00f3\u0142ow\u0105 analiz\u0119 zestawu modeli predykcyjnych dla wybranych lek\u00f3w (min. 10 modeli) z obliczeniem kluczowych metryk jako\u015bci (tj. procent wyja\u015bnianej wariancji, czu\u0142o\u015b\u0107, specyficzno\u015b\u0107);\n\u2022 implementacj\u0119 funkcji interpretowalno\u015bci i raportowania wk\u0142adu poszczeg\u00f3lnych czynnik\u00f3w do modelu (warianty farmakogen\u00f3w, rzadkie warianty uszkadzaj\u0105ce, cz\u0119ste polimorfizmy, p\u0142e\u0107, wiek, BMI oraz inne cechy kliniczne);\n\u2022 przygotowanie dokumentacji technicznej i u\u017cytkowej bazy danych, umo\u017cliwiaj\u0105cej jej samodzieln\u0105 obs\u0142ug\u0119, rozbudow\u0119 i adnotacj\u0119 nowymi danymi przez Zamawiaj\u0105cego.\n\nUs\u0142uga musi obejmowa\u0107:\nEtap 1. Budowa bazy danych oraz mechanizmu importu wynik\u00f3w\nHarmonizacja i systematyzacja setek milion\u00f3w wynik\u00f3w wielkoskalowych analiz asocjacyjnych (ok. 9\u202f000 analiz \u00d7 1,7 mln wariant\u00f3w r\u00f3\u017cnych typ\u00f3w: SNP, CNV, HLA, CYP) w jednolity, standaryzowany schemat danych. Zakres prac obejmuje:\n\u2022\tzaprojektowanie schematu bazy danych uwzgl\u0119dniaj\u0105cego metadane: struktur\u0119 populacji, zestawy cech demograficznych i klinicznych (m.in. palenie papieros\u00f3w, urbanizacja, BMI, ci\u015bnienie krwi) oraz pola na adnotacje wariant\u00f3w;\n\u2022\topracowanie i wdro\u017cenie mechanizmu importu, walidacji sp\u00f3jno\u015bci oraz indeksowania wynik\u00f3w asocjacji;\n\u2022\twdro\u017cenie bazy danych na serwerze Zamawiaj\u0105cego wraz z testami poprawno\u015bci importu.\n\nEtap 2. Kontrola jako\u015bci i adnotacja biologiczna zestawu wynik\u00f3w GWAS\nPrzeprowadzenie szczeg\u00f3\u0142owej kontroli jako\u015bci (QC) wynik\u00f3w analiz GWAS oraz wzbogacenie bazy danych o adnotacje biologiczne i funkcjonalne wariant\u00f3w. Zakres prac obejmuje:\n\u2022\tocen\u0119 inflacji statystyki testowej (wsp\u00f3\u0142czynnik lambda, wykresy QQ) dla ka\u017cdej analizy;\n\u2022\tkontrol\u0119 cz\u0119sto\u015bci wariant\u00f3w (MAF), wsp\u00f3\u0142czynnika imputacji (INFO score) oraz zgodno\u015bci z r\u00f3wnowag\u0105 Hardy-Weinberga;\n\u2022\tgenerowanie wykres\u00f3w Manhattan i QQ-plot\u00f3w dla wszystkich analizowanych fenotyp\u00f3w;\n\u2022\tadnotacj\u0119 konsekwencji funkcjonalnych wariant\u00f3w (narz\u0119dzia Ensembl VEP, CADD lub ekwiwalent);\n\u2022\toznaczenie wariant\u00f3w rzadkich uszkadzaj\u0105cych (loss-of-function, missense deleterious) oraz cz\u0119stych polimorfizm\u00f3w;\n\u2022\tzapis wynik\u00f3w QC i adnotacji biologicznej jako dodatkowych warstw w bazie danych.\n\nEtap 3. Przygotowanie adnotacji wariant\u00f3w pod wzgl\u0119dem cech farmakogenetycznych, klinicznych, oraz metadanych stratyfikuj\u0105cych\nPowi\u0105zanie wariant\u00f3w z wiedz\u0105 farmakogenetyczn\u0105 i kliniczn\u0105 oraz rozszerzenie bazy danych o metadane stratyfikuj\u0105ce. Zakres prac obejmuje:\n\u2022\toznaczenie wariant\u00f3w w farmakogenach (m.in. CYP2D6, CYP2C19, SLCO1B1, VKORC1, HLA-B) i powi\u0105zanie z poziomami rekomendacji klinicznych wg \u017ar\u00f3de\u0142 CPIC, PharmGKB, ClinPGx, DPWG i FDA;\n\u2022\tmapowanie wariant\u00f3w na allelotypy gwia\u017adkowe (*alleles) tam, gdzie jest to mo\u017cliwe;\n\u2022\tprzypisanie wariant\u00f3w do lek\u00f3w i obszar\u00f3w terapeutycznych obj\u0119tych projektem;\n\u2022\tw\u0142\u0105czenie do bazy danych cech demograficznych i klinicznych uczestnik\u00f3w UK Biobank (m.in. BMI, palenie papieros\u00f3w, ci\u015bnienie t\u0119tnicze, wiek, p\u0142e\u0107) niezb\u0119dnych do analiz w podgrupach;\n\u2022\tharmonizacj\u0119 kodowania zmiennych i obs\u0142ug\u0119 brakuj\u0105cych danych.\n\nEtap 4. Analiza zestawu modeli predykcyjnych dla wybranych lek\u00f3w\nSzczeg\u00f3\u0142owa analiza zestawu modeli predykcyjnych dla wybranych lek\u00f3w (min. 10), w oparciu o wyniki zintegrowane w bazie danych i warstwy adnotacyjne dodane w poprzednich etapach. Zakres prac obejmuje:\n\u2022\tobliczenie kluczowych metryk jako\u015bci modeli: procentu wyja\u015bnianej wariancji (r\u00b2), czu\u0142o\u015bci i specyficzno\u015bci w holdout set oraz na podzbi\u00f3rach populacyjnych;\n\u2022\traportowanie predykcji skutk\u00f3w niepo\u017c\u0105danych oraz profilu odpowiedzi terapeutycznej dla ka\u017cdego z modelowanych lek\u00f3w;\n\u2022\ttesty stabilno\u015bci i odporno\u015bci modeli na symulowane braki danych oraz na podgrupach p\u0142ci i grup wiekowych;\n\u2022\tzapis metryk i wynik\u00f3w analizy jako odr\u0119bnych tabel wynikowych w bazie danych.\n\nEtap 5. Implementacja funkcji interpretowalno\u015bci, raportowania i dokumentacja techniczna\nWdro\u017cenie funkcjonalno\u015bci generowania raport\u00f3w wag czynnik\u00f3w dla ka\u017cdego leku oraz przygotowanie pe\u0142nej dokumentacji technicznej i u\u017cytkowej bazy danych. Zakres prac obejmuje:\n\u2022\timplementacj\u0119 algorytm\u00f3w szacowania wk\u0142adu poszczeg\u00f3lnych zmiennych do predykcji odpowiedzi na lek (m.in. warianty farmakogen\u00f3w, rzadkie warianty uszkadzaj\u0105ce, cz\u0119ste polimorfizmy, p\u0142e\u0107, wiek, BMI i inne cechy kliniczne);\n\u2022\twygenerowanie raport\u00f3w wag i relatywnego znaczenia zmiennych dla ka\u017cdego leku obj\u0119tego analizami, zapisanych w bazie danych i w postaci plik\u00f3w zewn\u0119trznych (CSV/JSON wraz z wizualizacjami);\n\u2022\topracowanie dokumentacji schematu bazy danych (opis tabel, relacje, diagram ERD) oraz instrukcji administratora;\n\u2022\topracowanie instrukcji u\u017cytkownika/analityka: spos\u00f3b przegl\u0105dania danych, wykonywania typowych zapyta\u0144;\n\u2022\topracowanie procedury adnotacji bazy nowymi danymi (dodawanie nowych wynik\u00f3w asocjacji, tabel adnotacyjnych, aktualizacja metadanych).\n\nWarunki realizacji us\u0142ugi:\n\u2022\tWszystkie prace z wykorzystaniem danych UK Biobank musz\u0105 by\u0107 realizowane zgodnie z wytycznymi UK Biobank (platforma RAP/DNAnexus) oraz obowi\u0105zuj\u0105cymi politykami bezpiecze\u0144stwa danych.\n\u2022\tWykonawca zobowi\u0105zany jest do przekazania pe\u0142nego kodu \u017ar\u00f3d\u0142owego w repozytorium wskazanym przez Zamawiaj\u0105cego.\n\u2022\tWykonawca zobowi\u0105zany jest do uczestnictwa w cyklicznych spotkaniach on-line z Zamawiaj\u0105cym (min. raz w miesi\u0105cu) oraz do wysy\u0142ania cyklicznych raport\u00f3w miesi\u0119cznych.","warranty_period":null,"cpv_items":[{"id":8514,"code":"73110000-6","name":"Us\u0142ugi badawcze"}],"timetable_items":[],"fulfillment_places":[{"country":"Polska","voivodeship":null,"poviat":null,"commune":null,"locality":null,"created_by":null,"created_at":"2026-04-27 09:14:48","modified_at":"2026-04-29 09:56:03","modified_by":null,"id":752738,"type":{"id":2,"name":"ca\u0142a Polska"},"group_uuid":"7fbeea94-a829-4891-94e7-6f02fd6b9672"}],"participation_conditions":[{"id":1889262,"description":"WARUNKI UDZIA\u0141U\nWymagania wobec Wykonawcy:\nO udzielenie zam\u00f3wienia mo\u017ce ubiega\u0107 si\u0119 Wykonawca, kt\u00f3ry spe\u0142nia \u0142\u0105cznie nast\u0119puj\u0105ce warunki:\n\n1.\tDo\u015bwiadczenie w wykonywaniu analizy danych genetycznych \u2013 Wykonawca wyka\u017ce udokumentowane do\u015bwiadczenie w realizacji analiz du\u017cych danych genetycznych, potwierdzone co najmniej jednym z nast\u0119puj\u0105cych: repozytorium kodu \u017ar\u00f3d\u0142owego (np. GitHub, GitLab) zawieraj\u0105ce \u015bcie\u017cki i/lub narz\u0119dzia analityczne z zakresu farmakogenetyki, lub autorstwo/wsp\u00f3\u0142autorstwo recenzowanej publikacji naukowej w tym obszarze.\n2.\tWiedza o prowadzeniu wielkoskalowych bada\u0144 farmakogenetycznych GWAS \u2013 Wykonawca potwierdzi wiedz\u0119 i do\u015bwiadczenie w projektowaniu i wykonywaniu analiz asocjacyjnych typu genome-wide association study (GWAS), potwierdzone repozytorium kodu \u017ar\u00f3d\u0142owego obejmuj\u0105cym analizy GWAS lub autorsk\u0105/wsp\u00f3\u0142autorsk\u0105 publikacj\u0105 naukow\u0105 prezentuj\u0105c\u0105 wyniki takich analiz.\n3.\tDo\u015bwiadczenie w tworzeniu narz\u0119dzi bioinformatycznych - Wykonawca wyka\u017ce udokumentowane do\u015bwiadczenie w tworzeniu narz\u0119dzi i/lub baz danych s\u0142u\u017c\u0105cych do gromadzenia, przetwarzania i wykorzystywania wynik\u00f3w analizy asocjacyjnej genotyp-fenotyp, potwierdzone repozytorium kodu \u017ar\u00f3d\u0142owego (np. GitHub, GitLab) obejmuj\u0105cym tworzenie tego typu narz\u0119dzi.\n4.\tDo\u015bwiadczenie w pracy z platform\u0105 UK Biobank Research Analysis Platform (RAP) \u2013 Wykonawca wyka\u017ce praktyczne do\u015bwiadczenie w realizacji oblicze\u0144 na platformie RAP (\u015brodowisko chmurowe DNAnexus) udost\u0119pnianej przez UK Biobank, potwierdzone repozytorium kodu \u017ar\u00f3d\u0142owego (np. GitHub, GitLab) dostosowanego do \u015brodowiska lub zestawieniem przeprowadzonych oblicze\u0144 uzyskanym z platformy (np. job log).","type":{"id":2,"name":"Wiedza i do\u015bwiadczenie"},"created_by":null,"created_at":"2026-04-27 09:14:48","modified_at":"2026-04-29 09:56:03","modified_by":null,"group_uuid":"44a60f54-ff33-46fb-a57c-b12719086e5d"},{"id":1889263,"description":"DOKUMENTY SK\u0141ADANE WRAZ Z OFERT\u0104\n1)\tWype\u0142niony i podpisany Za\u0142\u0105cznik 2 do Zaproszenia \u2013 Formularz ofertowy (Za\u0142\u0105cznik ten stanowi\u0142 b\u0119dzie za\u0142\u0105cznik do umowy),\n2)\tPodpisany Za\u0142\u0105cznik 1 do Zaproszenia \u2013 Arkusz kalkulacyjny - Opis przedmiotu zam\u00f3wienia (Za\u0142\u0105cznik ten stanowi\u0142 b\u0119dzie za\u0142\u0105cznik do umowy). Oferta Wykonawcy musi obejmowa\u0107 realizacj\u0119 ca\u0142ego przedmiotu zam\u00f3wienia, tj. wszystkie etapy wymienione i opisane w Za\u0142\u0105czniku nr 1 do Zaproszenia,\n3)\tAktualny odpis z w\u0142a\u015bciwego rejestru lub z centralnej ewidencji i informacji o dzia\u0142alno\u015bci gospodarczej, je\u017celi odr\u0119bne przepisy wymagaj\u0105 wpisu do rejestru lub ewidencji, wystawiony nie wcze\u015bniej ni\u017c 6 miesi\u0119cy przed up\u0142ywem terminu sk\u0142adania ofert \u2013 lub r\u00f3wnowa\u017cne dla podmiot\u00f3w maj\u0105cych siedzib\u0119 lub miejsce zamieszkania poza granicami RP. Do o\u015bwiadcze\u0144 i dokument\u00f3w sk\u0142adanych przez Wykonawc\u0119 w post\u0119powaniu, zastosowanie maj\u0105 przepisy Rozporz\u0105dzenia Ministra Rozwoju, Pracy i Technologii z dnia 23 grudnia 2020 r. w sprawie podmiotowych \u015brodk\u00f3w dowodowych oraz innych dokument\u00f3w lub o\u015bwiadcze\u0144, jakich mo\u017ce \u017c\u0105da\u0107 zamawiaj\u0105cy od wykonawcy (Dz. U. z 2020 r. poz. 2415) (w przypadku Wykonawc\u00f3w maj\u0105cych siedzib\u0119 lub miejsce zamieszkania poza granicami RP - \u00a7 4 ww. Rozporz\u0105dzenia).","type":{"id":6,"name":"Lista wymaganych dokument\u00f3w/o\u015bwiadcze\u0144"},"created_by":null,"created_at":"2026-04-27 09:14:48","modified_at":"2026-04-29 09:56:03","modified_by":null,"group_uuid":"bb1cbf9b-eff5-46a9-9f47-d8ae91a6e6ff"}],"category":{"id":1,"name":"Us\u0142uga"},"subcategory":{"id":4,"name":"Us\u0142ugi badawcze"},"created_by":null,"created_at":"2026-04-27 09:14:48","modified_at":"2026-04-29 09:56:03","modified_by":null,"group_uuid":"6a557899-697f-4590-9f3d-45615e4325ef"}],"evaluation_criteria":[{"id":1058413,"price_criterion":true,"description":"Jedynym kryterium oceny ofert (o znaczeniu r\u00f3wnym 100%) jest cena, tj. cena oferty (brutto). Oferta, kt\u00f3rej cena brutto b\u0119dzie najni\u017csza, zostanie wybrana jako najkorzystniejsza.","created_by":null,"created_at":"2026-04-27 09:14:48","modified_at":"2026-04-29 09:56:03","modified_by":null,"group_uuid":"ecfd94c5-5ef4-4efa-aa0a-e1b29a0eafec"}],"is_variant":false,"title":"Budowa zintegrowanego repozytorium farmakogenetycznych model","order_node":{"id":444183},"created_by":null,"created_at":"2026-04-27 09:14:48","modified_at":"2026-04-29 09:56:03","modified_by":null}],"created_by":{"id":22482,"contact_persons":[]},"modified_by":{"modified_by":null,"id":1,"contact_persons":[]},"status":{"id":2,"label":"PUBLISHED","name":"Opublikowane"},"advertiser_address_details":{"name":"Instytut Farmakologii im. Jerzego Maja Polskiej Akademii Nauk","identification_number_type":"nip","identification_number":"6750001828","address":{"country":"Polska","voivodeship":"ma\u0142opolskie","poviat":"Krak\u00f3w","commune":"Krak\u00f3w-Krowodrza","locality":"Krak\u00f3w","created_by":null,"created_at":null,"modified_at":null,"modified_by":null,"id":1024794,"street":"Sm\u0119tna","number_description":"12","postcode":"31-343"},"created_by":{"id":22482,"contact_persons":[]},"created_at":"2026-04-27 09:14:48","modified_at":"2026-04-27 09:14:48","modified_by":{"id":22482,"contact_persons":[]},"id":364401},"advertisement":{"id":275181,"number":"2026-22482-275181","publication_date":"2026-04-29","created_by":{"id":22482,"contact_persons":[]},"created_at":"2026-04-27 09:14:48","modified_at":"2026-05-07 10:00:19","modified_by":{"modified_by":null,"id":1,"contact_persons":[]},"status":{"id":6,"label":"RESOLVED","name":"Rozstrzygni\u0119te"},"all_available_version_ids":[363404],"enrollment":null,"projects":[{"id":70857,"name":"Platforma PGx forge \u2013 Od algorytmu do stratyfikacji pacjent\u00f3w","number":"0001/23","activity":{"created_by":{"modified_by":null,"id":89,"contact_persons":[]},"created_at":"2023-02-01 09:23:10","modified_at":"2023-02-01 09:23:10","modified_by":{"modified_by":null,"id":89,"contact_persons":[]}},"region":null,"institution":{"created_by":{"modified_by":null,"id":17136,"contact_persons":[]},"created_at":"2024-02-29 12:41:56","modified_at":"2024-02-29 12:41:56","modified_by":{"modified_by":null,"id":17136,"contact_persons":[]}},"full_number":"FENG.02.05-IP.07-0001/23","perspective":{},"programme":{"created_by":{"modified_by":null,"id":89,"contact_persons":[]},"created_at":"2023-02-01 09:21:41","modified_at":"2023-02-01 09:21:41","modified_by":{"modified_by":null,"id":89,"contact_persons":[]}},"priority":{"created_by":{"modified_by":null,"id":89,"contact_persons":[]},"created_at":"2023-02-01 09:21:59","modified_at":"2023-02-01 09:21:59","modified_by":{"modified_by":null,"id":89,"contact_persons":[]}},"type":"project","created_by":{"id":22482,"contact_persons":[]},"created_at":"2026-04-27 09:04:19","modified_at":"2026-04-27 09:04:19","modified_by":{"id":22482,"contact_persons":[]}}],"is_author":false,"is_admin":false},"attachments":[{"origin":{"id":363404,"publication_date":"2026-04-29"},"id":2494948,"name":"Za\u0142. 3 - Wzo\u0301r umowy ZNP-12-2026.pdf","file":{"id":2769705,"name":"Za\u0142. 3 - Wzo\u0301r umowy ZNP-12-2026.pdf","created_at":"2026-04-29 09:44:37","created_by":{"forename":"Artur","surname":"Rzepecki"},"uri":"/api/files/2769705"},"group_uuid":"11d2873b-7b14-4e33-8b23-e30f0190ac3d"},{"origin":{"id":363404,"publication_date":"2026-04-29"},"id":2494949,"name":"Za\u0142. 2 - Formularz ofertowy.docx","file":{"id":2769706,"name":"Za\u0142. 2 - Formularz ofertowy.docx","created_at":"2026-04-29 09:44:45","created_by":{"forename":"Artur","surname":"Rzepecki"},"uri":"/api/files/2769706"},"group_uuid":"5f311e92-9c6c-4b4c-b7f8-ad99ea74eb8c"},{"origin":{"id":363404,"publication_date":"2026-04-29"},"id":2494950,"name":"Za\u0142. 1 - Arkusz kalkulacyjny-Opis Przedmiotu Zam\u00f3wienia.docx","file":{"id":2769707,"name":"Za\u0142. 1 - Arkusz kalkulacyjny-Opis Przedmiotu Zam\u00f3wienia.docx","created_at":"2026-04-29 09:44:52","created_by":{"forename":"Artur","surname":"Rzepecki"},"uri":"/api/files/2769707"},"group_uuid":"5f7bc653-4aaa-4517-a3f2-0599b690d09d"},{"origin":{"id":363404,"publication_date":"2026-04-29"},"id":2494951,"name":"Zaproszenie do sk\u0142adania ofert IF-ZNP-12-2026.pdf","file":{"id":2769809,"name":"Zaproszenie do sk\u0142adania ofert IF-ZNP-12-2026.pdf","created_at":"2026-04-29 09:55:06","created_by":{"forename":"Artur","surname":"Rzepecki"},"uri":"/api/files/2769809"},"group_uuid":"67aef047-78da-4d68-8b1d-8a870a525c11"}]},"dictionaries":{"announcement_status_draft":1,"announcement_status_published":2},"favorite":null,"badge":null,"offer_set_badge_count":null,"question_badge_count":null}}